L´Autorité Portuaire de Motril a été créée le 1er Octobre 2005, par l'octroi d'une autonomie de gestion, officialisée par le décret royal 940/2005, du 1 er août, la ségrégation de l'autorité portuaire d'Almeria-Motril et la création des Autorités portuaires d'Almeria et de Motril.

Auparavant, Motril a été géré d'abord par l´organisme autonome Commission administratif de Groupes des Ports, jusqu´à 1992, il rejoint l’Autorité portuaire d'Almeria-Motril. Depuis lors, il a subi une transformation non seulement dans son apparence extérieure, mais surtout dans le remarquable développement de son activité.

Le développement du port de Motril est basé, en premier lieu, sur le nouveau quai, qui fonctionnera avec des navires d'une plus grande quille et donc plus de capacité de charge. Deuxièmement, l'amélioration des communications terrestres, est devenue un élément catalyseur important de dynamique.

Enfin, la disponibilité d´un important espace industriel actuel et de futur, fait du port de Motril, un port à fort potentiel de croissance.